Qëllimet  e Akademisë janë:

1)  Të përfaqësojë interesat profesionale dhe shkencore të mjekëve, individualisht dhe profesionit mjekësor në tërësi;

2)  Të kontribuoj në aftësimin e kuadrit profesional, siç janë specializimet dhe edukimi i vazhduar profesional

3)   Të këshillojë në çështjet e politikës shëndetësore;

4)  Të studjojë dhe hulumtoj problemet shëndetësore përmes realizimit të projekteve të ndryshme;

5)   Të angazhohet që mjetet e destinuara për ndërtimin e institucioneve shëndetësore dhe të pajisjeve mjekësore të përdoren në mënyrë adekuate;

6)   Të bashkëpunojë me shoqatat tjera simotra në vend dhe në botë;

7)   Të publikoj revistën profesionale mjekësore;

8)   Të hartoj plana afatmesme dhe aftagjata për zhvillimin e politikës shëndetësore në Kosovë;

9)   Të përkujdeset për aspektet etike të praktikës mjekësore;

10) Të përkujdeset për edukimin dhe arsimimin shëndetësor;

11)  Të përparojë dhe avancojë shkencën mjekësore;

12) Të organizojë seminare, tribuna, simpoziume, konferenca dhe kongrese profesionale dhe shkencore;

13) Të zhvillojë debate dhe diskutime lidhur me çështjet e shëndetit, barnave dhe terapeutikës me përfshirjen e të gjitha palëve të interesuara duke përfshirë edhe qeverinë dhe opnionin publik;

14) Të bëjë publikimin e informatave që janë të lidhura me profesionin mjekësor nëpërmjet gazetave, revistave dhe mediumeve tjera informative;

15) Të përcjell punën e seksioneve dhe degëve, t’i përpunoj të dhënat e marra nga ato dhe të jep udhëzime për punën e mëtejme;

16) Të bashkëpunoj me Ministrinë e Shëndetësisë dhe të Ambientit.

ASHMK-AMSK